Parte finales del juego.

Primera Parte 

Llegada a Liberty City

Narra la historia de Niko Bellic, un inmigrante ilegal y veterano de la Guerra de Bosnia. Tras ser convencido por su primo Roman, que emigró a Liberty City años antes del comienzo de la historia en el juego, Niko decide abandonar Europa del Este con rumbo a Liberty City, donde espera olvidar su pasado criminal Poco después de bajar Niko del barco mercante Platypus que le trajo hasta la ciudad, descubre que el lujo y la riqueza de los que le hablaba Roman en sus cartas y correos electrónicos no existen y se encuentra con un mundo de deudas y gángsters. Niko ayuda a Roman con sus problemas y con su empresa de taxis mientras trata de encontrar su rumbo en la nueva ciudad.

Más tarde es revelado uno de los secretos y razones por los que Niko vino a Liberty City, que no es otro que encontrar a la persona que traicionó a Niko y a su unidad del ejército, todos amigos de la infancia. Niko crea lazos con la Mafia rusa de Liberty City a través de uno de los prestamistas de Roman, Vladimir Glebov, Más tarde Román le comenta a Niko que sospecha que su novia, Mallorie Bardas lo engaña con Vlad, y pregunta a Niko si lo sabía, a lo cual este sólo se queda callado, y Roman lo acusa de desleal, se disculpa diciendo que no sabía que le importaba, y dice que se encargará de solucionarlo. Tras "solucionar" el problema con Vlad matándolo y arrojando su cuerpo al Río Humboldt, Niko empieza a trabajar con mafiosos más importantes como Mikhail Faustin, dueño del club Perestroika, y su colaborador, Dimitri Rascalov. Niko realiza varios trabajos para Faustin, pero los excesos de éste provocan que Dimitri ordene a Niko que lo elimine. Niko asesina a Faustin en el Perestroika por encargo de Dimitri, pero luego es traicionado por éste. Cuando Niko se reúne con Dimitri para cobrar el dinero prometido por el asesinato, se descubre que Dimitri estaba confabulado con Ray Bulgarin, un antiguo jefe de Niko, que se presenta en la reunión y trata de matarlo. Niko huye de la emboscada con la ayuda de Little Jacob, un comerciante de armas jamaicano, amigo en común de Roman y Niko. Sin embargo, Dimitri y Bulgarin escapan, por lo que Jacob sugiere ocuparse de ellos más tarde

Inmediatamente después, Niko y Román se ven obligados a escapar a Bohan cuando tanto su apartamento en Broker como la empresa de taxis son incendiados por órdenes de Dimitri. En ese momento, Román revela a Niko sus intenciones de casarse con su novia, Mallorie, que trabaja como secretaria en su empresa de taxis. Desesperado por el dinero, Niko va obteniendo poco a poco nuevos aliados y logra ganar grandes cantidades de dinero en diversos trabajos con una oscura agencia gubernamental bajo el nombre de U.L. Paper o mediante el corrupto subcomisario de policía Francis McReary, así como con organizaciones criminales entre las que se incluyen el clan irlandés de los hermanos McReary, el gánster Playboy X, su mentor un ex-convicto llamado Dwayne Forge, la traficante de drogas puertorriqueña Elizabeta Torres o la familia Pegorino en Alderney (con Jimmy Pegorino a la cabeza, Ray Boccino y Phil Bell). Niko finalmente encuentra a Florian, el miembro de la unidad de Niko en Bosnia que emigro a Liberty City, gracias a Ray Boccino, pero cuando él y Roman van a su apartamento descubren que Florian ha cambiado su nombre a Bernie Crane, convertido ahora en un homosexual ostentoso acosado por unos mafiosos, por lo que Niko se da cuenta de que Bernie no es el responsable de la traición que sufrió en los Balcanes. Es entonces cuando a Niko sólo le queda un sospechoso: Darko Brevic.

A medida que avanza la trama, Niko se ve envuelto en un enfrentamiento múltiple de intereses por culpa de un fracaso con un negocio de diamantes de Ray Boccino en el que se implican la familia Ancelotti, la banda de moteros The Lost, el clan McReary, Bulgarin y los hombres del empresario nocturno Gay Tony. Más tarde, Niko conoce a Phil Bell, amigo de Ray, que a su vez son miembros colaboradores de la decadente familia Pegorino de Alderney, organización con la que Niko trabajará hasta el final de la trama. Mientras colabora con la organización criminal de Jimmy Pegorino, U.L. Paper llama a Niko y le ofrece presentarle a Jon Gravelli, un agonizante anciano hospitalizado, pero capo de la familia Gambetti. Gravelli y U.L. Paper encuentran a Darko Brevic en Bucarest y lo traen a Liberty City para entregárselo a Niko, en agradecimiento por los servicios prestados. Niko avisa a Roman y ambos van al punto de encuentro donde un furgón les deja a Darko. Niko se enfrenta a Darko, que se había convertido en un drogadicto, y le confirma que fue él quien traicionó a los hombres de Niko a cambio de dinero. El jugador tiene la opción de asesinar en ese momento a Darko o dejarle vivir debido a su lamentable estado. Tras el encuentro, Niko recibe una llamada de Pegorino para reunirse con él en el local de striptease Honker's de Alderney. Allí, Pegorino pide a Niko un último favor: recoger un envío de heroína del mayor enemigo de Niko, Dimitri Rascalov.

Segunda Parte 

Final del juego según la desicion del jugador 

La historia contiene dos posibles finales dependiendo de la elección que el jugador haga en este punto del juego. En ambos finales, Niko ve en Pegorino un enemigo por aliarse tan de cerca con Dimitri, y ambos antagonistas mueren. La diferencia fundamental en cada final es la muerte o bien de Roman Bellic o de Kate McReary.

Tras la reunión de Niko con Pegorino en el Honker's, en la que éste le pide que acepte una última misión en la que debe de negociar con su enemigo Dimitri, a Niko se le plantea un problema: aceptar el negocio con Dimitri para asegurarse una buena recompensa económica "como le aconseja su primo Roman" "o no aceptar el negocio" "como le pide Kate" y asesinar a Dimitri.